Năm 2006, khu vực I chiếm tỷ trọng 72% trong cơ cấu kinh tế, khu vực II chiếm 9,81%, khu vực III chiếm 18,19%. Tốc độ tăng trưởng GDP đạt 14,27%.

Huyện Cao Lãnh có thế mạnh về sản xuất nông nghiệp toàn diện. Ngoài cây lúa với diện tích 66.300 ha, sản lượng năm 2006 đạt 347.000 tấn, còn có 4.950 ha vườn cây ăn trái, chủ yếu là xoài, nhãn, cây có múi, sản lượng 21.700 tấn; hơn 4.000 ha cây công nghiệp ngắn ngày; 1.600 ha rừng; diện tích mặt nước nuôi thuỷ sản 1.082 ha (cá tra, điêu hồng, cá lóc, tôm càng xanh…), sản lượng 22.200 tấn; đàn gia súc 35.000 con {báo cáo của UBND huyện Cao Lãnh năm 2006}. Diện tích vườn cây ăn trái và phần lớn diện tích lúa được bờ bao bảo vệ khi lũ về.

Về công nghiệp-tiểu thủ công nghiệp-xây dựng, huyện có các làng nghề truyền thống (dệt chiếu, thảm lục bình, làm bột, bánh tráng), các cơ sở chế biến lương thực, giá trị sản xuất năm 2006 đạt 248.239 triệu đồng; cụm công nghiệp Cần Lố và Phong Mỹ đã bàn giao mặt bằng cho các doanh nghiệp, Dự an khu công nghiệp Ba Sao cũng đang được tỉnh thông qua vàtiến hành thành lập; Cầu Sông Cái Nhỏ (Bình Thạnh) đầu tư theo phương